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來自歐洲的消息表明，人們越來越意識到生物燃料造成的潛在環境危害——這並不一定有利於環境。歐盟改變了一直熱衷於生物燃料的立場；來自衛報：
引用：在擔心其對環境的影響後，歐洲將重新審查以生物燃料取代汽油和柴油來運行車輛以減少溫室氣體排放的計畫。 ……多項研究對許多領先候選產品的綠色資格提出了質疑，例如棕櫚油和玉米乙醇。批評者稱，生物燃料與主糧作物爭奪土地，大片雨林被砍伐以種植它們。英國皇家學會昨天在另一份報告中表示，英國政府需要重新考慮其生物燃料政策。該協會警告稱，再生運輸燃料義務要求在兩年內使用 5% 生物燃料，但不一定會減少碳排放。幾週前，巴拿馬史密森尼熱帶研究所的喬恩·沙勒曼和威廉·勞倫斯在《科學》雜誌上發表了一篇文章，得出結論認為，由玉米、甘蔗和大豆製成的生物燃料可能比燃燒化石燃料對環境產生更大的影響。
隨著環境疑慮的增加，歐盟審查生物燃料目標 英國皇家學會新聞稿：
引用：最新新聞稿
英國皇家學會警告稱，政府需要推動生物燃料朝正確方向發展2008 年1 月14 日英國皇家學會警告稱，除非政府制定正確的政策，否則生物燃料可能無法顯著減少交通運輸中的溫室氣體排放，甚至可能對環境造成破壞(1)今天的報告（2008 年 1 月 14 日星期一）。 《永續生物燃料：前景與挑戰》報告警告說，2008 年 4 月生效的英國再生運輸燃料義務 (RTFO) 並不一定鼓勵使用最能節省溫室氣體的生物燃料類型。
這是因為，儘管該義務要求燃料供應商確保到 2010 年英國銷售的所有燃料中有 5% 來自再生能源(2)，但它並不包含減少溫室氣體排放的目標。 RTFO 是英國對歐盟生物燃料指令的實施，該指令也未包括溫室氣體目標。因此，該指令對經濟發展和能源安全的作用將大於應對氣候變遷。英國皇家學會生物燃料研究(3) 主席約翰·皮克特(John Pickett) 教授表示：「生物燃料可以在減少美國和全球交通運輸中的溫室氣體排放方面發揮重要作用。汽車、卡車和國內航空旅行造成了25% 的溫室氣體排放。 「政府必須確保RTFO 推廣排放量最低的燃料，例如透過設定溫室氣體減排目標。這將有助於鼓勵改進現有燃料並加速新燃料的開發。如果沒有目標，我們就有可能錯過重要的目標激發令人興奮的創新的機會，這將幫助我們減少不斷上升的交通排放。該報告還建議將 RTFO 延長 20 年，以刺激培育強大的英國生質燃料產業所需的長期投資。
它警告說，如果沒有適當的支持，包括研發界的支持，我們就有可能錯過開發可以帶來更大效益的生物燃料的機會，我們可能會陷入使用低效生物燃料的困境。約翰·皮克特說：「在設計鼓勵投資和使用生物燃料的政策和激勵措施時，重要的是要記住，一種生物燃料與另一種生物燃料並不相同。每種生物燃料所減少的溫室氣體排放量取決於農作物的種植和轉化方式以及如何利用生物燃料。”該報告呼籲對生物燃料所帶來的溫室氣體減排及其積極和消極的社會和環境影響進行評估和認證。
約翰·皮克特(John Pickett) 表示：「作為RTFO 的一部分，英國在開發生物燃料的碳和永續性報告方面處於國際領先地位。這些資訊至關重要，因此我們可以識別和推廣以對人類和環境有益的方式生產的燃料。社會問題。事實上，雖然 RTFO 是一個合理的開始，但除非認證適用於所有生物燃料的生產，並且是所有國家都使用的系統，否則我們只會取代而不是補救這些燃料的潛在負面影響。
報告稱，生物燃料並不是解決排放問題的同時滿足日益增長的交通需求的靈丹妙藥。提供可持續的交通系統需要將生物燃料與其他發展相結合，包括改進車輛和引擎的設計、增加公共交通的使用以及更好的城鄉規劃以鼓勵步行和使用自行車等。
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